Cette disposition donne und base légale à la réduction du droit aux vacances. Par analogie avec le CO, seuls les jours ouvrés sont pris en compte dans le calcul des absences. Cette manière de calculer a pour avantage d’écarter tout malentendu concernant l’imputation des jours chômés, jours fériés compris, en cas d’absence partielle notamment. Les jours pendant lesquels, pour une des raisons énumérées à l’al. 1, let. a, l’employé n’a pas travaillé à son taux d’occupation prévu par contrat doivent être inclus dans les 66 premiers jours d’absence. Si par exemple un employé déclaré malade à 20 % travaille quatre jours à plein temps et manque toute la cinquième journée, un seul jour d’absence lui sera imputé. Si par contre l’incapacité partielle de travailler concerne un employé à temps partiel dont l’activité n’est pas répartie sur toute la semaine, la compensation des jours d’absence se fera au prorata sur la semaine entière. Il y aurait sinon une inégalité de traitement par rapport aux employés à temps complet ou partiel travaillant cinq jours par semaine. À supposer qu’un employé à 40 % ne travaillant que les mercredis et les vendredis soit malade un mercredi, 2,5 jours d’absence lui seront imputés.
Le droit aux vacances n’est pas réduit lorsque, pour des raisons de santé, un employé travaille dans le cadre d’un placement à l’essai sur la base d’un cahier des charges modifié, mais que son taux d’occupation reste le même que celui qui a été défini par contrat.
Par service obligatoire, on entend en particulier le service militaire, le service civil et la protection civile. Concernant le service militaire, une distinction est opérée entre, d’une part, les cours d'instruction au sens de l'art. 41, al. 1, de la loi sur l’armée (LAAM ; RS 510.10), à savoir les écoles, cours, exercices et rapports, qui sont réputés services obligatoires, et, d’autre part, les autres missions. Dans le cadre d'un service d'appui (art. 67 LAAM) ou d'un service actif (art. 76 LAAM), les troupes s'engagent à défendre la sécurité et la prospérité de la Suisse et les jours fériés ne sont par conséquent pas réduits. Le même principe s'applique au service civil et à la protection civile, pour autant que le service fourni puisse être assimilé à un service d'appui ou un service actif.
Sous certaines conditions, des jours de vacances non pris sont également réduits lors d’un relèvement du taux d’occupation. Le droit minimal aux vacances au sens de l’al. 1 doit néanmoins être garanti (cf. art. 39 O‑OPers).
Lorsque l’employé prend congé pendant une période de maladie, les jours en question sont comptabilisés à 100 % comme des jours de vacances (à l’exception des jours de congé pris pour raisons thérapeutiques et de la prise de jours de vacances isolés qui ne profitent pas au repos), mais l’employé est aussi en incapacité de travail pendant cette période. Ces jours de congé sont donc également pris en considération pour le calcul des délais au sens des al. 1 et 2 ainsi que de la réduction visée à l’al. 3.
Même s’ils tombent sur un jour ouvrable, les jours chômés et les jours fériés ne sont pas pris en compte dans le calcul des 22 premiers jours ouvrés (jours de carence avant la réduction des vacances) au sens de l’art. 67a, al. 1, let. b, OPers.
En ce qui concerne les employés rémunérés à l’heure, l’indemnité en espèces remplaçant les vacances (art. 19, al. 3, O-OPers) sera réduite si les conditions énumérées à l’art. 67a OPers sont réunies. Le calcul de la réduction repose sur les engagements effectués normalement (par analogie avec l’art. 56b OPers). Les mêmes bases de calcul s’appliquent sinon que pour les employés mensualisés.