Une indemnité est versée en espèces pour le travail ordonné la nuit (du dimanche au vendredi, de 20 h 00 à 6 h 00, le samedi de 18 h 00 à 6 h 00), le dimanche et les jours fériés. En plus de l’indemnité visée à l’al. 3, les employés bénéficient pour le travail de nuit d’une majoration de temps au sens de l’art. 64, al. 3 et 4, OPers pour autant que les conditions qui y sont fixées soient remplies. Les indemnités pour le travail du dimanche et le travail de nuit sont également dues cumulativement dans la mesure où le travail s’effectue le dimanche ou les jours fériés durant les périodes définies à l’al. 3.
L’indemnité de 33 % pour le travail du dimanche est calculée de la manière suivante : on divise d’abord le salaire annuel maximal de la classe de salaire correspondante de l’employé par le nombre d’heures annuelles à effectuer (2100), puis on calcule 33 % du montant ainsi obtenu.
En principe, les employés appliquant l’horaire de travail fondé sur la confiance ont aussi droit à des indemnités. Il leur appartient toutefois de déterminer si, au regard des conditions de travail particulières et de l’indemnité au sens de l’art. 64b, al. 5, OPers, ils peuvent raisonnablement faire valoir ce droit.
Seuls donnent droit à une indemnité les jours fériés au sens de l’art. 66, al. 2, OPers. Les jours fériés locaux ne sont pas indemnisés.
Dans le sens d’une égalité de traitement entre les employés des entreprises industrielles de la Confédération et ceux de l’économie privée, les suppléments pour les heures effectuées le dimanche, les jours fériés ou la nuit obéissent en principe à la LTr.
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il s’agit de prendre en compte pour le calcul du salaire afférent aux vacances non seulement le salaire proprement dit, mais aussi l’ensemble des suppléments versés de manière régulière et durable (ATF 132 III 172). Cette pratique vaut également pour les employés de l’administration fédérale, faute de réglementation propre dans le droit du personnel de la Confédération. Cela signifie que l’indemnité pour le travail effectué le dimanche et la nuit (art. 12 O-OPers) est déterminante pour le calcul du salaire afférent aux vacances, dans la mesure où elle est perçue de manière régulière et durable (c.-à-d. durant au moins 10 mois sur 12 par année civile ; décision de la Conférence des ressources humaines, avril 2007). Les indemnités sont calculées conformément à l’art. 19, al. 3, O-OPers.